Penelitian ini membandingkan metode sekuensing RNA sel tunggal (scRNA) D-scRNA dan P-scRNA untuk kanker gastrointestinal. D-scRNA memberi wawasan lebih mendetail namun dengan stres sel lebih tinggi, sementara P-scRNA lebih lembut tetapi kurang menangkap jenis sel langka.
Penelitian tentang kanker gastrointestinal sering berfokus pada sel epitel, yang memiliki peran penting karena dapat menjadi penyebab penyakit ini. Namun, mempelajari sel-sel ini dengan metode sekuensing RNA sel tunggal (scRNA) sulit karena kesensitivan sel yang dapat rusak saat diambil dari lingkungan alaminya. Metode scRNA berbasis droplet (D-scRNA) memberikan wawasan, tetapi mengharuskan banyak sumber daya dan dapat meningkatkan stres pada sel. Di sisi lain, platform berbasis picowell (P-scRNA) muncul sebagai alternatif yang lebih lembut dan efisien. Namun, belum ada perbandingan langsung antara keduanya untuk biopsi mukosa manusia.
Dalam studi ini, kami membandingkan langsung D-scRNA dan P-scRNA. Hasil menunjukkan bahwa masing-masing platform memiliki kelebihan dan kekurangan yang unik, yang menjadi tantangan dalam menjaga kefokusan dan reproduksibilitas di seluruh studi. Kami berharap penelitian ini membantu peneliti menerapkan metode scRNA lebih efisien pada sampel biopsi manusia.
Biopsi kolon manusia yang dikumpulkan dipersiapkan dengan metode identik untuk menganalisis set sel yang sama menggunakan kedua metode. Kami menganalisis faktor-faktor seperti jumlah sel, cakupan gen, dan kontaminasi DNA mitokondria untuk memahami kekuatan dan keterbatasan dari masing-masing metode.
Kami menemukan perbedaan signifikan antara D-scRNA dan P-scRNA, baik dari jenis sel yang ditangkap maupun gen yang diukur. D-scRNA mampu memberikan wawasan lebih terperinci tentang lingkungan mukosa dan sel individual dengan menangkap lebih banyak sel dan cakupan gen lebih tinggi. Namun, metode ini membutuhkan lebih banyak sumber daya, menambah stres pada sel, dan menunjukkan tingkat kontaminasi DNA mitokondria yang lebih tinggi.
P-scRNA lebih lembut bagi sel, lebih efisien sumber daya, dan lebih baik dalam mempertahankan kualitas sel. Namun, metode ini kurang efektif dalam menangkap jumlah sel besar dan jenis sel langka yang mungkin relevan dengan penelitian suatu penyakit.
Hasil ini membantu ilmuwan memahami konteks saat menafsirkan temuan scRNA mereka. Dengan membagikan kekuatan dan kelemahan ini, kami berharap dapat membantu peneliti memilih platform yang tepat tanpa perlunya pengujian tambahan.
Selanjutnya, kami berencana menerapkan pengetahuan ini untuk mengoptimalkan pendekatan dalam menganalisis biopsi dari pasien dalam uji coba klinis pencegahan presisi kami, yang bertujuan mempelajari efek agen anti-kanker serta protektif pada mikroenvironment jaringan kolon.
Dalam penelitian kami, kami melakukan perbandingan antara dua metode scRNA untuk tujuan lebih efisien, dengan harapan dapat meningkatkan penelitian kanker gastrointestinal di masa mendatang.
Studi ini membandingkan dua metode scRNA, D-scRNA dan P-scRNA, mengungkapkan kekuatan dan kelemahan masing-masing. D-scRNA menawarkan detail lebih dalam, tetapi lebih stres dan kontaminasi tinggi. P-scRNA lebih lembut dan efisien, tetapi kurang mengcapture jenis sel langka. Pemahaman ini sangat penting untuk penelitian kanker gastrointestinal yang lebih akurat dan efisien.
Sumber Asli: www.news-medical.net
