Penelitian membandingkan metode D-scRNA dan P-scRNA dalam analisis biopsi kolon manusia. Mereka menemukan perbedaan signifikan dalam kapasitas pengambilan sel dan pengukuran gen. Hasil ini bertujuan membantu peneliti memilih metode yang sesuai untuk penelitian kanker gastrointestinal.
Penelitian mengenai kanker gastrointestinal terutama fokus pada sel epitel, yang penting dalam fungsi organ. Namun, analisis sel ini dengan metode single-cell RNA sequencing (scRNA) sulit karena sel epitel yang rapuh dapat rusak saat diambil. Metode droplet-based scRNA (D-scRNA) telah memberikan wawasan dalam studi ini, tetapi menimbulkan stres pada sel dan membutuhkan banyak sumber daya. Sebagai alternatif, platform picowell-based (P-scRNA) dianggap lebih efisien dan lebih lembut bagi sel, meski belum ada perbandingan langsung antara keduanya.
Dalam studi ini, kami menganalisis biopsi kolon manusia dengan kedua metode tersebut. Hasil menunjukkan perbedaan jelas antara D-scRNA dan P-scRNA dalam jumlah sel yang terambil serta gen yang bisa diukur. D-scRNA mampu menangkap lebih banyak sel dan memberi cakupan gen yang lebih tinggi, tetapi mungkin menghasilkan kontaminasi DNA mitokondria yang lebih tinggi. P-scRNA lebih lembut dan lebih efisien, namun kurang dalam menangkap variasi jenis sel yang ada, termasuk jenis sel langka yang penting dalam penelitian penyakit.
Hasil penelitian ini membantu ilmuwan memahami konteks dalam interpretasi data scRNA. Dengan berbagi kelebihan dan kekurangan dari masing-masing metode, kami berharap peneliti bisa menentukan platform yang tepat sesuai kebutuhan studi mereka.
Langkah selanjutnya adalah menerapkan pengetahuan ini untuk menganalisis biopsi dari pasien yang terdaftar dalam uji coba klinis pencegahan presisi. Uji coba ini bertujuan memahami efek agen anti-kanker seperti aspirin dan asam lemak omega-3 terhadap mikro lingkungan jaringan kolon untuk mencegah kanker kolorektal dini dan kanker gastrointestinal.
Studi membandingkan metode D-scRNA dan P-scRNA untuk analisis biopsi kolon menunjukkan kelebihan dan kekurangan masing-masing. Hasil ini membantu peneliti memilih metode yang tepat untuk studi kanker gastrointestinal.
Sumber Asli: www.news-medical.net
